基金會成立後，展示研究規劃小組開始收集資料，進行研究，並擬出一套展示規劃綱要計畫書，從展示理念、內容規劃、營運策略、管理原則、空間配置等面向，擬出設計原則：

1. 呈現多元主題，豐富觀眾經驗。
2. 彈性的展示方式。
3. 運用高科技設施，令展示生動。
4. 展示配合教育推廣活動，以吸引觀眾。
5. 營造喜悅、神聖與感知的空間。
6. 不分門別類，呈現宗教的通性。
7. 避免批判亂象，展現當代宗教對社會的貢獻。

規劃階段完備後，開始進入艱鉅的落實建造階段。在短短不到兩年的時間裡，大舉徵才，進駐建築、裝修等工程團隊，以及內容、圖像等研究團隊，投入大量的資源、心血，集合眾人智慧與專業，一磚一瓦堆砌起籌備多年的博物館空間。